Il programma formativo consiste nell'insieme di attività formative che i dottorandi devono svolgere per conseguire il titolo finale di Dottore di Ricerca. In relazione al 40° ciclo ed ai cicli precedenti ancora attivi,  tale programma è disponibile al seguente link; si potranno lì trovare tutte le informazioni riguardo alla tempistica, la rendicontazione, il numero e tipologia dei CFU delle diverse attività formative. 

Il programma formativo dettagliato di ciascun ciclo di dottorato è approvato dal Collegio dei docenti. Le linee generali del programma formativo sono qui di seguito sinteticamente riassunte.

• La durata normale del corso di dottorato è di tre anni. Non è possibile chiedere il differimento della discussione della tesi: solo nel caso in cui, per una tesi che sia stata sottoposta al termine del triennio ai valutatori esterni, siano state indicate come necessarie correzioni o integrazioni di un certo rilievo, può essere concesso un ulteriore lavoro di revisione ed approfondimento (per un periodo non superiore ai sei mesi, e senza che questo comporti prolungamento della borsa di studio), con il conseguente differimento della sua discussione finale alla "sessione straordinaria".   
• Al termine di ogni anno ciascun dottorando dovrà scrivere una particolareggiata relazione sulle attività svolte e il Collegio dei docenti delibererà l'ammissione del dottorando all'anno successivo, oppure ne proporrà al Rettore l'esclusione dal corso.  
• Nel corso dei primi due anni - e in particolare del primo anno - i dottorandi devono svolgere un'attività di studio accademico, seguendo corsi avanzati e superandone i relativi esami. I corsi offerti per il dottorato e i vincoli nella scelta dei dottorandi possono variare da un ciclo al successivo (si veda sotto).  
• Di norma, entro il termine del primo anno ciascun dottorando deve definire un proprio progetto di ricerca per la tesi ed individuare un "tutore", ossia un docente o ricercatore del che lo possa seguire.  
• Tutti i dottorandi devono avere nel corso del triennio almeno un'esperienza di contatto con la comunità scientifica internazionale, ovvero uno stage presso un gruppo di ricerca all'estero, o almeno la partecipazione ad un convegno o ad una scuola scientifica internazionali.  
• I risultati della ricerca svolta durante il dottorato devono infine essere riportati nella tesi di dottorato, che costituirà il principale elemento di valutazione nell'esame finale.

Le attività formative di tipo accademico sono organizzate in corsi dedicati che ricoprono le seguenti aree tematiche:

• Theoretical Physics of Fundamental Interactions
• Astrophysics, Astroparticle and Cosmology
• Nuclear and Particle Physics
• Physics of Matter
• Artificial Intelligence and Computing Science
• Biomedical Physics  
• General and Interdisciplinar formation  

Il catalogo dettagliato dei corsi offerti per il 40° ciclo e per cicli tuttora attivi è reperibile al seguente link: i corsi sono tenuti principalmente da docenti della "Federico II", ma l'offerta formativa ricomprende anche una serie  di corsi organizzati in collaborazione fra i Dottorati in Fisica dell'Università di Bari "A. Moro", dell'Università del Salento - Lecce, dell'Università della Campania "L. Vanvitelli" - Caserta e  dell'Università di Napoli "Federico II". .

Questo accordo ha permesso un'importante sinergia fra le competenze delle varie sedi, a tutto vantaggio della qualità e dell'ampliamento dell'offerta formativa per i dottorandi.

Vista la varietà dell'offerta i corsi effettivamente attivati saranno solo quelli inseriti nel proprio piano di studio da almeno due dottorandi; corsi richiesti da un solo dottorando possono spesso essere convertiti in "studio individuale supervisionato".

La scelta dei dottorandi non è tuttavia limitata al solo catalogo richiamato, dal momento che è data la possibilità di fruire di altri corsi mirati al percorso dello specifico dottorando, individuando opportune attività formative che possano essere colte:

• dall'offerta formativa degli altri dottorati della Scuola Politecnica delle Scienze di Base;
• dall'offerta formativa dei percorsi di dottorato della Scuola Superiore Meridionale;
• dall'offerta formativa dei CdS magistrali, nei casi - molto particolari - in cui un dottorando intraprenda un'attività di ricerca significativamente diversa da quella da lui svolta per a tesi di laurea magistrale, per la quale possa esser opportuno un completamento delle conoscenze di base nel particolare settore di interesse.

Un discorso a parte merita la possibilità di approfondimento delle lingue: i dottorandi della "Federico" II possono fruire liberamente dei corsi forniti dal CLA -  Centro Linguistico di Ateneo; il CLA promuove anche corsi di Italiano per favorire l'integrazione dei dottorandi stranieri.

Tutte queste opzioni consentono ai dottorandi in Fisica della "Federico II" di fruire di un'offerta formativa di qualità molto ampia e perfettamente adattabile alle proprie curiosità ed esigenze.     

Come completamento della loro formazione i dottorandi sono invitati a partecipare a seminari e a Scuole o Workshop Internazionali che scelgono secondo i loro interessi.

Diversi eventi sono organizzati in sede dal Dipartimento: fra questi, le prestigiose Majorana Lectures, che nel 2024 giungeranno alla loro XIII edizione e sono tenute dai più eminenti fisici teorici in attività.